一、加强对招投标全过程的审计
审计部门应精心编制审计实施方案，充分做好审前准备工作，实行全过程实时监督。
审计招标条件的完备程度。审计部门要了解批准立项文件对基建工程项目的一些基本要求，建设资金的构成情况，设计文件及工程概算的完整性和合理性。
审查招标前的准备工作是否完成，基建工程场地的道路、供电、供水等准备工作是否已完成。审查建设项目招标工作机构设置的完备程度，内控制度的严密程度。
审计招标方式的合法性。审计部门要了解工程项目采取的是公开招标还是邀请招标。采用公开招标方式时，是否在规定的媒体上发布了招标公告，公告是否明确了招标人的名称、地址，招标项目的类别、数量、工程地点、施工时间及如何获取招标文件，同时是否要求潜在投标人提供有关的资质证明文件、在建工程情况、所获奖项等内容。邀请招标是否同时向规定数目以上具有承担所招标项目能力、资质较高、信誉较好的特定法人（或特定企业）发出了招标邀请书。
审计招标程序的合法性。审计部门要监督整个招标工作中是否做到了与企业谈判、评标、定标三个环节分开；参与编制和审定标底的人员、评标工作小组成员及有关工作人员是否合规有序工作，有无弄虚作假、“明标暗定”的现象。审查招标文件是否已经上级主管部门批准，是否按规定已发布招标公告或发出招标邀请书，其内容是否合法，是否与招标方式所规定的一致。审查招标单位出售、分发的招标文件是否符合规定要求，在发出招标文件后规定的时间内是否组织投标单位勘察过工程现场，并及时解答疑问。
审计标底的客观性。审计部门要重点审查作为编制标底依据的招标文件、设计图纸和相关资料是否符合法规要求；注意标底的合理性，是否控制在概算以内，有无提价压价的情况，人为调整标底问题；标底的保密工作是否到位，所有参与招投标工作相关人员不得以任何方式向他人透露关于招投标现阶段具体情况。
审计投标单位资格的有效性。审计部门着重审查所有参与投标的单位是否具有投标资格及达到进行基建工程建设所要求的资质等级，各家单位在建工程质量情况如何，近年承建的基建工程项目所获奖项是否为国家法定工程质量监督部门所颁据，工程项目经理、技术人员是否拥有国家颁发的资质证书，施工机械器具数量是否达到建设要求审计开标的保密性。审计部门要监督招标工作组是否邀请了所有投标人代表参加并当众组织开标，期间有无暗箱操作，有无违反规定现象；开标前是否组织推选的代表检查投标文件的密封情况；经检查无误后，工作人员当场拆封，宣读投标人名称、投标价格及投标文件规定的其他主要内容；开标过程是否做好了记录，并存档备查。
审计评标的公正性。审计部门着重审查评标委员会成员是否由招标人代表及有关基建工程技术、经济管理等方面的专家共同组成。评标委员会是否按招标文件规定的评标标准和方法，坚持公开、公平、公正、科学合理的原则，对投标文件进行评审和比较，将投标价格为合理性最低价、企业信誉好、施工质量高、组织管理严密的单位确定为中标人。
审计定标的合理性。审计部门要监督招标单位与已确定的中标单位在履行承包施工合同订立之前的手续办理过程。一是审查定标的程序、方式是否符合规定，做到合理最低价价中标，最后定标价格是否偏离了市场行情。二是审查投标单位是否在规定时间内持中标通知书到招标管理部门办理了审查复核等有关手续。三是审查中标人是否按规定及时足额向招标人提交了履约保证金，中标单位是否在规定时间内按招标文件和中标人的投标文件签订了书面合同。
二、加强对相关工程施工合同的审计
审计合同的完整性和规范性。若工程施工合同签订不完整、不规范，工程结算计价就难以确定。因此，审计人员要重点审查双方基本条件是否都已具备，施工合同的签订过程是否合规、办理手续是否齐全，合同内容是否合理、全面、合法，甲乙双方的责任、权利是否明确。
审计合同书条款与招标书条款的一致性。招标工作结束后即进行合同的签订。
审计论文中应注意审查合同的内容是否贯彻了招标精神，招、投标过程中形成的图纸变更、招标文件的修改和补遗、图纸及招标答疑文件、询标纪要、各种协议等是否作为合同文件的组成部分，确保合同的实质性条款与招标文件和投标书中的实质性内容相一致。
审计施工合同的履行情况。在履行合同过程中有关款项计算以及损失赔偿的计算处理等是否正确，有无不遵守合同条款规定的现象，有无转手承包、偷工减料、弄虚作假、高估冒算等非法盈利等问题。特别是在工程量清单报价配合单价合同的情况下，审计部门一定要审查核实工程量的计算是否准确，是否按照合同规定的程序、办法、清单项目、技术规范和设计图纸等，以实际完成的施工数量进行计算。
审计分包工程施工合同。分包工程合同常见的问题主要有：某些条款违背与业主的主合同，如主合同优惠下浮率与分包合同优惠下浮率不一致；合同工程内容涵盖面不够，如某项目部分分包合同工程内容与分包结算工程内容不一致；分包合同的主要经济条款不准确，事后补签合同，有失客观真实。
三、加强对工程结算的审计
把好工程量计算审计关。工程量是组成工程造价的基本要素，工程造价是否准确主要取决于工程量计算是否准确。工程量的审计办法，根据需要和具备的工作条件，可采用全面审查法，即按图纸及统一的工程量计算规则，按预、结算编制的程序和项目要求逐项逐条计算、汇总，然后与分包结算的工程量相比较。适用于工程结构比较简单、规模较大、造价较高的项目。重点抽查法，即根据需要选择单位工程中具有举足轻重的分部分项工程进行计算，适用于大型复杂、单位价格较低的项目审计。
对重复计算和多计算的工程量以及只增项不减项，或少减项等容易出现的突出问题，注重账实核对、账表核对，直到清查核实为止。同时还要注重审查工程的立项过程是否正确，有无多列、少列或错列和工程量计算是否合规。
把好取费标准审计关。一是审计单位工程造价是否合理，审查时注意了解建设工程的结构类别和建设要求及特点，掌握施工工期内当地建材市场价格行情，掌握同一地区同一时期同类别工程的平均造价指标情况。二是审计建设工程费用的计算是否合规，重点审计在计算各项费用时所采用的基数是否符合当地文件规定，取费系数的选取是否与工程类型或施工企业资质要求一致，有无重复计算费用等问题。三是审计设计变更是否真实存在、相关费用计算时是否按照规定要求。
把好材料差价审计关。在审计按实结算的材料价差时，重点审计材料所用数量和市场实际价格。对那些据实调整过的材料，直接审查施工单位相关原始票据，特别对装修装饰材料部分要加强审计力度。在审计按系数法计算的材差时，注意审计材差计算采用的基数及材差系数的变化，应当以地方有关主管部门每季度下发的文件为标准，特别需要注意材差系数计取的时间与施工进度的一致性。
