唐君毅先生对中国哲学的诠释方法引起了很多人的关注，如张祥浩曾写过其方法论的述评，彭华曾就其方法论进行过讨论与比较，刘国强以对唐君毅着述的文本分析为基础，将其哲学方法概括为四种: “契会法”、“层层转进法”、“超越反省法”与“开阖法”。上述研究，主要着眼于唐君毅的中国哲学思想及思想史的研究，对唐先生的研究还可从唐先生诠释佛教思想的角度探讨其方法的得失。
一 宗教性的崇信与历史考证相结合的方法
唐君毅认为，宗教学研究具有特殊性: “宗教学、神学之研究，或须兼信仰与崇敬，或代为辩护、发挥、宣扬，求有所体证受用的态度。”这是因为，古代圣哲的思想远比“我”高远博大，如果不对其学说心存崇信，殊难有相应而深入的了解，只有自己提升精神境界，“使自己之思想向上一着”，才能相对客观地理解古代圣哲的思想。所以“依宗教性的崇信与历史考证之态度以为言者，则恒善能本恭敬心，以上探古圣先贤之微言隐义，乃能见人之所不见、知人之所未知。”
这种宗教性的崇信与历史考证相结合的方法，唐君毅认为足为“万世之标准”，汉代以后的学者多采用此种方法。一方面，他们有自己的心得，同时认为自己的心得必定合乎古圣先贤的本义或隐义，所以多喜对前人言论做训诂考证，以见自己的见解的确与前人相合。唐先生对单纯采用历史文献考证而无崇信态度的学者提出了批评，因为在这些学者眼中“所谓圣贤之言教，亦非即足为人类思想之标准所在，其言教中所陈之义理，自非即普遍永恒之义理;而纯就人类思想之随历史时代而变化以观之，世间亦实可不见有普遍永恒之义理之存在也。
唐君毅认为，说必无圣贤之言教足为人类思想之标准，世间也没有什么普遍永恒的义理，这是一种“历史主义”观点，而非历史事实之所证成。因为缺失宗教性的崇信，这类学者看不起包括佛教在内的中国学术，“他们之看中国学术，不过是他们运用他们所谓的科学方法去耕种的一块田地而已”。
另外，唐先生对以西方哲学模式比附中国哲学的方法也是深恶痛绝:学者之治哲学者，多先习西方哲学之论，慕西方哲学概念之清晰，论证之严整，乃或本西方哲学之义理为底据，以整理说明中国先哲之说; 依西方哲学之问题，以观中国先哲对之之答案，而或割裂篇章，以为之证。其中有主要本西方之实用主义哲学为底据者，如胡适之《中国哲学史大纲》; 由主要本西方之新实在论为底据者，如冯友兰《中国哲学史》……其病同在先怀成见，未能对中国固有之哲学思想，先存敬意，以求客观之了解，故不免附会多而成功少。
唐先生倡导的这一治学方法，虽然未能走出汉学或朴学“从文本走向文本”的老路子，不过应当承认，阐发佛学义理或思想史，不失为一种比较适合的方法。在对佛教思想的诠释中，唐先生运用这一方法参差互见、得失俱存，其中有成功的地方，如古圣先贤的义理在后世语境下重新得到宣扬，但也走入一种歧途，即借古人之言宣扬自己的主张，而“厚诬古人”。可见任何方法都不是十全十美的。
二 “仁义礼智”的思想诠释方法
在《原性篇》中，唐君毅曾自述其论述方法云:古人往矣，以吾人之心思，遥通古人之心思，而会得其义理，更为之说，以示后人，仁也。必考其遗言，求其训诂，循其本义而评论之，不可无据而妄臆，智也。古人之言，非仅一端，而各有所当，今果能就其所当之义，为之分疏条列，以使之各得其位，义也。
义理自在天壤，唯贤者能识其大。尊贤崇圣，不敢以慢易之心，低视其言，礼也。吾人今果能兼本此仁义礼智之心，以观古人之言，而论述之，则情志与理智俱到，而悟解自别。
这就是唐君毅着名的“仁义礼智”的哲学思想诠释态度或方法。对于这一诠释方法的客观效果，学者们见仁见智，莫衷一是，例如: 游祥洲认为，唐君毅用这种方法进行佛学研究，其态度是客观的，对于佛学的诠释是“如其所如”、“不强加分析，不强加附会，不强加解释，不强加观想”的; 彭华认为，这种诠释方法或态度是唐君毅试图在“六经注我”与“我注六经”之间“做出理想选择且欲图弥缝的一种做法”，就唐君毅的个人气质而言，是不易做到的。
从唐君毅对佛学哲学思想所作诠释的客观效果来看，他并没有完全做到“仁义礼智”的如期目标。个中原因，从唐君毅的气质、性情来解释似乎也讲得通。不过，这毋宁是儒家学者一种“通病”，盖儒家学者多有一种认识上的误区，认为个人真能修身养性，恪尽诚实之道，便可通达天下任何道理而无余，却没有认识到: “( 儒家) 修身养性的结果，充其量不过达到个人纯粹动机意义的‘纯善无伪’，但绝不可能保证使其行为也同样有最大的福利效果。”
傅伟勋先生也认为，“儒家的仁义观念充其量只能当作康德所说的‘规制原理( the regulative principle) ’，而无权充当‘构成原理( the constitutive principle) ’”。但是包括唐君毅、牟宗三等人在内的大多数儒家学者，常常认为自己“仁义礼智”的修养功夫已经做得不错了，于是便怀有“无往不利”的勇气、“包治百病”的信心、“包打天下”的气概，解读其他学派的文化典籍，并“自信”个人的诠释也是完全正确的。实际上并不必然如此。唐先生此处概括的“仁义礼智”的诠释方法，从端正个人的动机与态度方面来讲是没有问题的，但过分依赖、强调这一点，可能会产生忽略其他学术规范的弊端。
三 注重融会贯通，异同互见
唐君毅的哲学研究向来以注重融会贯通着称。对于相互矛盾、冲突、对立思想的“融通之道”，唐先生有独特的理解:此人之心思，原可随顺一名言及一事物，以有其在种种不同之方向、不同深度之运用，正为种种不同义理，所以得分别显示于心思前之理由所在。此中，人若只自限于某一方向、某一深度之心思之运用，即只能知某一方面层次之某一种义理，而于其他方面层次之他种义理，更无所知。人若进而只依其所知之义理，以观他人所知之不同义理，遂恒不能善会，以如实而观，乃不免加以歪曲，而以不同者为同，亦以同者为不同: 而后诸真实不虚之义理，乃宛然互相冲突矛盾，更不见有融合之道焉。实则此宛然之冲突矛盾，追源究本而论，唯起于吾人之心思，原有不同之方向，不同深度之运用，而吾人又恒不免于依其所自限制某一深度、某一方向之心思之所知，以观他人沿其他方向，运用其心思之所知，而不能善会故。
唐先生生活在一个文化分崩离析的时代，“今日所遭遇之文化思想之冲突，如群流之相激，非会通之无以成浩瀚之江流”并曾有感于李冰治水之六字诀“深淘沙，宽作堰”云，“吾人对一切人生文化问题之解决，皆系于淘其沙砾以致深闳，宽其堤堰以纳众流。”
对异质文化加以融会贯通，一直是他的志业理想之所在。其“融合之道”，乃是追究“冲突矛盾”表相的本源，在于人们心思有不同方向、不同深度的运用，而我们又习惯依赖“我见”以观他人的思想。唐先生认为，探究本源而能对不同的思想融会贯通、异同互见，需要有“虚灵明觉心”的修养。
唐君毅在此下过切实功夫，其所述“生命心灵境界”学说中多有个人的体悟成分，非仅徒托空言之概念演绎也。此种修养功夫，是以能知、能觉、能见之纯粹之“能”为存心之所，舍弃外在所知、所见之相，而专注在清净明觉之一念上，功夫渐深，则此心愈能明觉虚灵，遂谓能渐证能知、能见、能觉之“本体”，再由此功夫渐渐排除心灵中私欲、气质性之昏蔽、意见、情识、意气、习气等，而变化气质，则能愈见此虚明灵觉心之疏朗、开阔。由自问能排除种种意见、意气而近乎“纯善无伪”，更见得心灵之某种广大、澄明境界，便可融会贯通不同思想。唐先生诠释中国佛教不同思想之衍变，如从僧肇三论到《成实论》再到吉藏的“中道佛性”义乃至智顗的“圆顿止观”，大都是以此“虚灵明觉心”的修养为基础，而视之为有不同的路向、层次的差异而已。
总的来看，唐先生使用“融会贯通，异同互见”的方法，使得原本看似相互矛盾、冲突、对立的佛教思想与中国固有文化以及外国哲学等，融会贯通成为一种可以为智性所能接受的知识。为了透过种种差别相而将不同流派的佛学理论、佛学与其他学说贯通起来，唐君毅甚至不辞迂回曲折，艰难行事，如在荆棘丛中行，勉强寻找相关线索与依据，其经营之苦心令人感佩。但这样一来，有时候未免强不通以为通，而造成一些对文本的误读、误解，似乎也就在所难免了。
四 从“义辞”到“义贯”的研究
在晚年《上下与天地同流———关于中国哲学研究与治学态度答问》一文中，唐君毅谈及研究中国哲学的一个新方向: 由比较的观点，以训诂与义理交相明，而视中国哲学传统为义独立的哲学传统，而加以了解研究的方向。这一方向，首先肯定中国哲学的独立传统，方法上是清代训诂之学与唐宋义理之学的结合，“来成就一个更完善的客观研究态度”，以“建设中国的新哲学”。至于具体方法与步骤，唐先生的设想是:
先是哲学名词的“义辞”研究、“义涵”研究。再是哲学思想体系的“义系”研究、“义旨”研究、“义趣”研究。再作“义用”研究，探求这思想体系对其他学术、文化的应用价值。更求“义比”研究，作不同哲学思想宗趣、义理、应用价值的比较。直到“义通”或“义贯”研究，寻求诸哲学在历史生长转易、凝聚开辟的迹象。
以上八种研究中国哲学的方法或步骤，共分为五个层面: “义辞”、“义涵”属于基础的训诂方法;“义系”、“义旨”、“义趣”属于哲学思想的整体把握;“义用”探求哲学思想对于社会、历史的影响或建设作用; “义比”属于不同哲学之间的比较; “义通”或“义贯”则是将两千多年的中国哲学思想视为一个有其本源而不断凝聚开辟的独立系统，以寻求其发展脉络。这五个层面，每一个都可以是一项独立工作，同时也可以成为下一层面的基础或前提。
应该注意的是，这一设想是唐先生晚年提出来的，故可以视为唐先生毕生学业的一种总结。他的《中国哲学原论》可视为在从事“义通”的工作。就其对中国佛教思想的阐述来说，是将中国佛教之发展看作有一内在“思想义理之次第发展”的里路，其言中国佛学之分流，“地论宗为华严宗之先导……华严宗义，多由法相唯识宗义之升进而成”若学由肇论开其端倪，而以成实学及吉藏三论宗作为过渡，至天台总其大乘。即以“般若学”这一“大流”而论，其间义理层层转进，唐君毅以“有无”、“空有”、“假实”及“二谛”为核心概念，一一加以分疏，如《成实论》辨“假名有”与“实有”，以此言空假名心、空法心及空心之次第，相对于“对物未分析，于种种不同之有无亦未深 加 分 析”的《肇 论》而言，更“多 一 辨 析 之功”，至《中论》，言“关系与关系项之宛然有而实际空义”，对于《成实论》来说，又是一大进步至于佛教内部的两大宗派———唯识与般若，唐君毅认为，在“假”、“实”、“空”、“有”之分别上，二者也“并不相违”，“不相冲突，而又可并行而不悖”，如其言《瑜伽师地论》分“假有”为六种，其中“因假有”、“果假有”、“所行假有”，其义“不出成实论言假有之旨”，至于“分位假有”、“观待假有”，在《中论》中“皆可名之为一‘关系性之有’”而加以破斥者; 唯识法相宗三性之说，原由次第演变而成，其始与二谛之说“无大异”，至于唯识宗依二谛辨一切法，也有世俗谛与胜义谛之分，而且由《瑜伽师地论》、《辩中边论》、《摄大乘论》、《成唯识论》至窥基《大乘法苑义林章》，其学说不断改进增益，窥基《大乘法苑义林章》中，“分世俗谛与胜义谛共为五谛……较中论之只有世俗谛、第一义谛二者，成实论之辩假实空有，而分之为三者，是较为完备整齐，而亦见诸谛之次第升进之义。”
此可见二者之相通、相同之处。按唐先生说窥基分“世俗谛”与“胜义谛”为五谛之说，如果仔细考察，便会发现其在“二谛”这一概念的“义辞”乃至“义系”上有较为明显的误解与误读。
窥基专论“二谛”云: “今明二谛有无体异，事理义殊，浅深不同，诠旨各别，故于二谛各有四重，亦名名事二谛、事理二谛、浅深二谛、诠旨二谛。”
窥基是按照体之“有无”、“事理”、“浅深”、“诠旨”之不同，而将二谛分为四重，分别为: 俗谛四重———世间世俗、道理世俗、证得世俗，胜义世俗; 胜义谛四重: 世间胜义、道理胜义、证得胜义、胜义胜义，是为“四重二谛说”，绝不是唐君毅所说的“五谛”———世间世俗谛、道理世俗谛、证得世俗谛、胜义世俗谛加上“圣智所内证之一真法界”( 实际上是胜义胜义谛) 。其省略掉的“世间胜义谛”、“道理胜义谛”、“证得胜义谛”三种，唐先生或以为无甚意义，这是因为他未能深谙窥基此处将二谛分为四重的立言之用意的缘故，即以“世间胜义谛”而言，是针对“世间世间谛”来说的，如云: “世间世俗者，隐覆真理，当世情有，堕虚伪中，名曰世间，凡流皆谓有，依情名假，说名为世俗”，是未觉悟的凡夫所行境界，“世间胜义者，事相粗显，犹可破坏，名曰世间，亦圣所知，过第一俗，名为胜义”，是觉悟的圣者所行境界，而为了教化众生而设立的蕴界处等“十善巧”之所安立处，后望前为胜，故为“世间胜义谛”，这一层意义便是唐先生所谓“五谛”中未能包涵的。
唐先生的《中国哲学原论》所作思想贯通性的工作，可谓大气磅礴，予人启迪之处不少，但在“义辞”、“义涵”、“义系”等方面基础性的考据上难免有所缺失。可见诠释中国佛教思想，要在唐先生所说的五个层面都做到尽善尽美，是极其困难的。
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