1.政府的引导与调控政策不健全。
税收政策是影响一个国家经济发展的重要手段，对经济行为模式的导向具有重要影响。我国的税收政策在循环经济发展过程中尚没有发挥充分的作用，在税收的优惠制度方面比较侧重于资源的综合利用，以及“三废”的治理上，并且大部分局限于减税与免税方面，形式比较单一，也就是说，各种制度工具间缺乏相互协调的功能。由于各种优惠政策缺少合理的设计与配置，使税收的各种激励优惠功能无法充分的发挥。例如，我国在征收增值税时，对相关回收废旧物资的单位，在其销售回收的废旧物品时会对其免增值税，而对企业征收所得税上，却没有将其列入免计项目，由此可以说明税收优惠制度的各相关部门间缺少沟通。
在循环经济发展的初期阶段，影响企业向循环经济转变热情的直接原因就是资金，在研究清洁生产、资源循环利用技术、引进先进设备、培养专业人才的同时，使得企业成本过高、竞争力下降，难以形成循环型企业。在资金方面，政府的支持力度不够，对于发展循环经济的相关扶持政策也落实的不到位，奖罚手段没有发挥到调节作用，同时在对待自然资源过度浪费的企业时，应明确环境资源税以及改善排污费过低的问题，避免过度使用造成的浪费。
2.官员政绩考核制度不完善。
现阶段我国的官员政绩考核制度主要标准是经济效益，各级政府的主要工作仍是大力发展经济，对资源和环境问题的关注较少，甚至有些环保部门成为了污染主体的庇护者。主要原因在于过去我国的经济总量与发展规模相对较小，为更快的落实以经济建设为中心、加快经济增长，往往将官员的政绩考核或晋升与 GDP 指标联系到一起，致使官员的只看重短期的经济行为，而忽视与经济发展密切相关的自然资源与生态环境。有些政府官员为了晋升，不仅懈怠自己应尽的职责，还帮助违法企业逃避环境保护义务，造成严重的“管理失灵”.此外，在绩效考核的方式上比较单一，我国官员的环境绩效考核主要是同一部门中的上级部门对下级部门进行工作上的考核，尽管以此方式进行考核有效率快、成本低的好处，不足之处在于考核主体过于单一，容易使某些地方政府向上级谎报政绩，造成考核结果与实际情况不符。
3.责任追究制度不健全。
我国针对政府环境责任追究制度方面存在严重问题，特别是在问责的主体上比较单一，缺乏有效性。我国目前的问责形式主要是行政机关对政府部门进行问责，在异体问责方面较少，如人大、司法机关、新闻媒体、公众等方面的问责。一些地方政府常常为了自身的利益而做出不科学、不合理的决定。近几年，每一件重大污染案件的发生都离不开地方政府的决策，追其根源，无不是在制定重大的决策时没有将对环境的影响规划到其中。即使造成环境污染地方政府也不会承担任何责任，即没有任何制度可以约束地方政府的决策，最重要原因在于我国官员的任期为 5 年，意味着任期满 5 年就要重新任命，这样即使造成了重大的资源浪费或是生态破坏，也不会有任何责任，这就需要对我国官员的责任追究制度加以完善。
4.自然资源产权制度问题。
马克思对自然资源在人类生产活动中的地位进行描述时指出“良好的自然条件始终只提供剩余劳动的可能性，从而只提供剩余价值或剩余产品的可能性，而决不能提供它的现实性”.说明良好自然资源的合理利用对经济发展起到巨大的推动作用。
长期以来，我国的自然资源产权制度一直存在界定不清晰、不合理的问题，致使自然资源严重浪费，使自然资源的有效配置达不到理想的效果。由于目前自然资源的使用权、所有权以及产权的界定不明确，导致人人都可以免费使用自然资源，对自然资源的过度使用造成了生态破坏和资源枯竭，许多自然资源具有流动性，这也是环境资源产权无法确定的原因之一。在自然资源的所有权方面，主要问题就是所有权的形式单一，在宪法与法律的规定中，我国自然资源的主权归国有，如水资源、矿资源等都归国家所有；土地、资源等部分自然产权归集体所有；个人拥有的基本可以忽略不计，自然资源产权制度的过于单一不利于资源的配置效率。
价格作为市场调节资源配置的重要条件，合理的价格能够反映资源的稀缺程度以及生态价值，我国长期存在经济发展与自然资源间的矛盾，自然资源价格杠杆和调控作用的失灵就是其中重要原因之一。在我国大部分的自然资源仍然沿着传统的管理模式，即谁开发、谁所有、谁受益，企业过度开采、无偿使用的行为普遍。例如，在我国许多缺水地区，生产所用的地下水价格就是工业价格，市场价格既没有体现自然资源的稀缺性，也没有体现出对生态环境的价值，并且价格也低于该地区的水资源价格。在循环经济发展的过程中，企业技术的改造成本高，而资源获得的成本比较低，因此，导致了资源的过度开采与浪费。
5.市场机制存在的问题。
建立健全市场机制是发展我国生态文明及循环经济的重要途径，生态补偿机制是其中最重要的制度之一。我国在国家、区域、流域等范围上的生态补偿活动已经取得了很大的进展，但仍存在诸多问题。我国的生态补偿制度还处在发展阶段，林业、农业、环保等部门都根据自己的利益及职权来进行生态补偿实践，虽然补偿政策较多，但难以形成统一的生态补偿制度；在生态补偿的对象、范围、标准等方面，主要以政府的决策为主，缺乏利益相关者的参与机制；在补偿范围上比较模糊，通常是以江河的源头、中下游等来进行界定，缺乏科学性；在补偿的标准上，通常是以政府的支付能力为基础，而没有考虑到相关者的直接损失。
碳排放交易作为最有效率的污染控制手段，在世界范围内被广泛接受。我国的碳排放交易机制已初步形成，但在发展的过程中仍面临许多的问题。在碳排放的分配权方面，我国的许多企业在减排方面存在诸多顾虑，比如现在减排多，将来分配的份额就会减少，因此缺乏动力，此外，排污权由政府管辖，最终导致排放权的交易受到政府的支配；在碳排放的法律方面，缺少一套系统的法律，甚至在碳排放交易方面的指南都没有，在2005 年通过的《清洁发展机制项目运行管理办法》是一套协调、规范碳排放交易的法律，但由于交易的逐渐增多，该法律已无法满足目前的市场发展需要；在监管方面，我国目前的碳排放交易市场机制及制度还不健全，在监测的标准和监测的设施上存在许多不足，在很大程度上阻碍了碳排放交易机制的发展。
（三）企业方面存在的问题。
1.企业缺乏对循环经济的认识。
我国的循环经济的试点主要集中在经济热点区，如珠江三角区、长江三角洲、东北老工业基地以及西北地区，整体上的发展还处在一个萌芽阶段，且社会经济背景多样化，没有现成的本土经验可借鉴。大多数企业领导者的思想中经济效益与生态环境是相对立的，缺乏对生态环境和自然资源的紧迫感及危机感，同时也缺乏社会责任感。为追求经济利益降低成本，忽视循环经济要求的清洁技术等生态化技术，在对社会、生态环境破坏的同时也将削弱企业在未来的竞争中的地位。此外，企业的目的只有一个，就是追求自身利益的最大化，企业自身看作成一个独立的个体，不与外部环境因素以及其他企业相联系，忽略了合作共存以求得发展的可能性，在这个竞争的时代，只有企业间相互合作实现循环经济发展，才能在激烈的市场竞争中发展壮大。
